Au XIe siècle le Vexin ne fait pas encore partie du royaume de France mais est un comté sous le contrôle de Raoul de Gouy qui posséde également les comtés d’Amiens et de Valois. Philippe 1er, roi de France, annexe le Vexin Français au domaine royal en 1077 ce qui ne plait guère aux ducs de Normandie et s’en suivront des invasions en 1087, 1094, 1097-1098 et 1124.
Ces guerres continuelles et ces pillages ont détruit la plupart des églises et il n’y a presque plus de lieux pour l’exercice de la religion dans le comté de Meulan. En 1147, le comte de Meulan, Galéran IV de Meulan s’engage dans la deuxième croisade aux côtés du roi de France Louis VII. Dès lors, sa femme Agnès de Montfort, fait le vœu de reconstruire les églises du comté si son époux rentre de cette catastrophique croisade. Il sera de retour en 1149 et selon un érudit du XVIIIe siécle : « Ils commencèrent donc en l’année 1156 à jeter les fondement de dix-sept églises paroissiales dans les campagnes voisines de Meullent leur ville capitale ; tous ces édifices furent achevés en moins de six à sept ans avec des clochers en pierres de taille d’une belle structure comme nous la voyons encore aujourd’hui dans les paroisses de Gadancourt, Cléry, Condécourt, Gaillon, Tessancourt, Hardricourt, Jambville, Limay et plusieurs autres. Ils dotèrent ces églises de beaucoup de rentes, dixmes et terres pour la subsistance des prêtres ou des religieux de différents ordres qui y furent établis pour les desservir et y faire les offices régulièrement ».
Il est probable que l’église Saint-Pierre-aux-Liens de Condécourt existait dans une version primitive à la fin du XIe siècle, et fut rebâtie en partie lors de cet épisode de reconstruction. Elle fut ensuite remaniée aux XIIIe et XVIIIe siècles.
L’église a conservé sa cloche du XVIe siècle. Elle se nomme Martine, nom qu’elle tiens de son commanditaire Martin Damerval écuyer à Condécourt.
Par la conquête de l’Angleterre en 1066 par Guillaume le Conquérant, la Normandie devient anglaise et les conflits se multiplient avec le royaume de France. A partir de 1337 la Guerre de Cent Ans sera une période très difficile pour les habitants du Vexin français. La chevauchée d’Edouard III en 1346 sera un vrai désastre pour le Vexin français. Le 11 août 1346 après le pillage de Mantes une attaque est lancée contre Meulan qui échoue mais les batailles ne cessent pas dans la région et les habitants souffrent terriblement. La peste noire en 1348 tuera 1000 habitants à Pontoise. La vie devient difficile dans la région, en témoigne ce texte tiré de « Documents sur la Guerre de Cent Ans » de S. Luce : en 1358 « Nous avons entendu par les habitans des villes et paroisses de Sagi-la-Ville, de Courtemanche, de Puiseux, de Ville-Neuve-St-Martin, de Corcelles lès Boissy, de Sergi, de Montgerout et de Boissy, en la prévosté et ressort de Pontoise, que, touz leurs blez et vins, que ils avoient et encores ont à recueullir aus champs pour la majeure pertie, les ennemis du royaume, qui à présent sont et lors estoient à Meullent et ès autres forteresses voisines, en alant et venent de l’une forteresse à l’autre, prenoient, emportoient, et degestoient, et de jour en jour emprisonnoinet et rançonnoient leurs corps, bruloient et ardoient leurs maisons et granches, et leurs autres biens meubles pilloient,… »
S’en suivra la Grande Jacquerie de 1358, soulèvement paysan des régions d’ile de France.